Is Helianti’s Weblog

berbagi ilmu, berbagi semangat, berbagi dunia

Archive for the ‘penelitian’ Category

Jurnal Internasional, siapa takut? Ketika menjadi Author

Posted by ishelianti on October 27, 2010

 

Berbicara tentang budaya menulis karya ilmiah atau paper di jurnal internasional di kalangan Indonesia terkadang memang membuat sesak dada. Di ASEAN saja, Indonesia tertatih di belakang 3 negara jiran: Singapura, Thailand, dan Malaysia walau sedikit sejajar dengan Filipina, dalam hal publikasi internasional. Bahkan, jika kondisi begini terus, tidak mustahil Vietnam akan menyalip.

Tentu, kita tak mau menjadi pecundang. Perlu usaha kecil namun terus-menerus untk menyadarkan kalangan ilmiah, peneliti, dan akademis untuk mengejar ketertinggalan ini. Juga membuka mata kalangan industri dan pihak terkait yang selama ini nampak “melecehkan” peran publikasi ilmiah. Bahwa peran Iptek dalam pembangunan dapat dilihat dengan parameter karya ilmiah yang diakui internasional yang dihasilkannya. Kita bisa menengok dengan mudah, negara-negara yang maju ekonominya adalah negara yang banyak mengeluarkan publikasi internasional: USA, Jepang, Jerman, dan China. Yang terakhir bahkan jumlah publikasi internasionalnya naik berlipat seiring keyakinan diri menjadi negara raksasa ekonomi baru. Memang, tulisan ilmiah yang diakui secara internasional bagaikan ada di menara gading, sedangkan paten terasa down to earth. Mungkin itu karena kita lupa, sebenarnya karya ilmiah akan menjadi down to earth pada akhirnya , ketika sudah terakumulasi, teruji, dan terkonfirmasi.

 

Mudah-mudahan tulisan ini menjadi salah satu dari usaha kecil di atas.

 

Dalam proses akumulasi pengetahuan dalam bentuk publikasi ilmiah, Author adalah peran sentral. Karena keberadaan Author yang melakukan penelitian dan melaporkan hasil penelitiannya itulah ilmu pengetahuan terakumulasi, terkonfirmasi, dan teruji, lalu menjadi pengetahuan yang dimiliki oleh publik. Pengetahuan ini digunakan untuk melakukan inovasi dan pengembangan teknologi, analisa data, juga dikembangkan lebih lanjut untuk memperdalam pemahaman kita akan suatu objek pengetahuan.

 

Menulis hasil karya ilmiah dari suatu proyek penelitian adalah kewajiban setiap mereka yang mendapatkan dana penelitian dari pihak manapun, apatah lagi negara. Istilahnya publikasi ilmiah adalah akuntabilitas akademisi yang menerima dana. Bahkan ada yang secara ekstrem mengatakan, bahwa kaum ilmiah dan akademisi yang mendapatkan dana penelitian namun tidak melaporkan karya ilmiahnya dalam bentuk publikasi mirip dengan para koruptor. Karena dana itu menjadi tidak jelas larinya dan publik tidak dapat melihat hasil kerjanya.

 

Nah, bagaimana menjadi Author?

 

Seorang Editor Jurnal Internasional mengatakan, bahwa seharusnya semua penelitian bisa diterbitkan sebagai tulisan ilmiah di jurnal. Syaratnya adalah ”Good Science”. Maksudnya, penelitian itu dilakukan dengan prinsip-prinsip sains yang baik dan jujur, ada data yang bisa dipertanggungjawabkan, ada kontrol untuk menetapkan kevalidan data, ada kesimpulan yang bisa dihasilkan. Jadi ketika ditulis, tidak asbun, tidak ngasal. Seratus persen saya sependapat dengan pendapat ini.

 

Dalam ”good science” bisa jadi kebaruan atau novelty menjadi hal yang penting. Banyak dari peneliti Indonesia yang ”ngeper” ketika berbicara kebaruan, termasuk saya dulu. Saya teringat, ketika saya ”ngeper” tersebut, Profesor saya mengatakan: ”Kebaruan itu bertingkat-tingkat. Jika kamu melakukan suatu penelitian tanpa merefer buta 100% karya orang lain, dijamin ada kebaruan dan orisinalitas kamu di dalamnya. Jika setiap orang di dunia ini semua pandai menemukan sesuatu yang benar-benar baru, tentu akan membuat dunia ilmu pengetahuan kacau balau dan tak akan ada pemenang nobel. Temukanlah dan ekspresikanlah kebaruan penelitianmu, di aspek mana dia berbeda dari yang sudah ada, walupun mungkin hanya menjadi aspek kecil dalam ilmu pengetahuan.” Kalimat yang pada waktu itu terus terang melegakan saya, yang masih sangat naif mengartikan arti kebaruan. Dan membuat saya bisa menulis paper pertama saya di jurnal Applied Microbiology and Biotechnology..:-)

 

Ada juga Profesor lain yang mengatakan, ada dua jalan yang bisa dipilih bagi mereka yang bergelut di dunia penelitian dan iptek. Pertama, bergelut di suatu bidang di mana banyak orang yang sudah lebih dahulu bergelut di dalamnya. Kalau kita memilih ini, keuntungannya adalah akumulasi pengetahuan berupa data sudah banyak, kita bisa meneliti, menyimpulkan penelitian, dan menulis hasilnya relatif lebih mudah. Tetapi, kekurangannya kita sulit mendapat kebaruan yang ”signifikan” menggoncang ilmu pengetahuan, hanya yang memimpin lah yang berhak atas penghargaan menemukan novelty yang dahsyat. Bidang seperti ini contohnya banyak terdapat dalam bioteknologi moderen.

 

Sedangkan yang kedua adalah pilihan untuk menggeluti bidang yang jarang dikerumuni orang. Sebagai konsekwensi dari pilihan ini, data mungkin sangat sulit didapat, apalagi kumpulan data terdahulu untuk perbandingan. Tapi kabar baiknya, data yang didapat walaupun relatif sedikit akan sangat dihargai untuk publikasi internasional.

Mana yang kita pilih, atau tepatnya, sekarang di tempat mana kita berada?

 

Dalam kasus saya. Karena, saya kurang lebih ada di kelompok yang pertama, maka saya harus berbesar hati, bahwa saya harus bisa memilih di jurnal internasional mana karya saya bisa diterbitkan, di jurnal level apakah karya saya bisa diterima? Maka, kita harus pandai memilih jurnal apa yang kita jadikan target.

 

Banyak paper yang ditolak bukan karena paper itu tidak good science. Tetapi karena paper tersebut ”salah alamat”. Banyak paper yang ditolak oleh jurnal berimpact factor tinggi bukan karena tidak punya kebaruan, tetapi karena level kebaruan yang diminta jurnal tersebut levelnya lebih tinggi. Banyak reviewer yang memandang sebelah mata sebuah manuskrip, bukan karena tidak bagus, tetapi karena Author tidak berhasil meyakinkan reviewer di mana letak kebaruan penelitiannya.

 

Itulah kuncinya. Mengenali karakter penelitian kita, memilih jurnal internasional yang mengadopsi bidang kita dalam segi scope maupun level impact factornya, dan mengkomunikasikan kebaruan dengan sejelasnya. Dan tentu saja mempersiapkan manuskrip yang well prepared sehingga mengesankan reviewer. Bahasa Inggris memang rada menakutkan. Tetapi dengan kesadaran bahwa kita bukan native speaker, kita bisa lebih bisa membebaskan diri dari tekanan harus bisa bernarasi sempurna. Sehingga efeknya dapat menulis dengan lebih baik. Rasanya Bahasa Inggris sama saja dengan Bahasa Indonesia. Untuk membuat kalimat yang mudah dimengerti haruslah S-P-O-K dan tak banyak kalimat majemuk. (bersambung)

Advertisements

Posted in Paper, penelitian | 1 Comment »

Budaya Kerja, antara Jerman dan Jepang

Posted by ishelianti on October 12, 2008

Menarik membandingkan kultur kerja orang-orang yang bergerak di bidang riset dan akademis di dua negara maju ini. Jerman dan Jepang. Dua penduduk negara ini dikenal sangat serius dan efisien.

Di Jepang, jam kerja saya dulu “unlimited”. Dengan fasilitas universitas dari laboratorium, ruang komputer, perpustakaan yang on line 24 jam, jam kerja “unlimited” ini seperti mendapat justifikasi. Orang Jepang biasa kerja dari jam 9 pagi sampai di atas jam 9. Lab masih ramai di jam 11 malam, bukan hal asing. Justru aneh kalau lab sudah gelap di jam 6 sore. Ketika menghadapi dead line baik thesis maupun paper seminar, saya bersama mahasiswa lain biasa tidak tidur sampai dini hari, tapi kelayapan di dalam lab bereksperimen.

Lain lagi di Jerman. Di sini kerja dimulai jam setengah sembilan. Tetapi dijamin jam 6 sudah sepi. Kalau pun ada sisa-sisa manusia berlalulalang, biasanya sebagian besar orang asing, yang mungkin berpikiran mirip dengan saya. Buat apa pulang ke apartemen, karena tidak ada yang menunggu.

Tetapi bukan berarti orang Jerman bekerjanya santai. Baru beberapa hari di sini saya menemukan suasana itu. Suasana serba terencana, serba cepat, serba serius pada jam kerja. Langkah-langkah cepat dan panjang sepanjang lorong laboratorium. Tak ada obrolan kepanjangan ngalor ngidul saat jam kerja, kecuali diskusi masalah kerja. Tak ada pekerjaan sampingan seperti berinternet ria yang tidak berurusan dengan pekerjaan. Ini yang bikin saya tidak enak hati sering-sering chatting sembari kerja. Semuanya serius dengan apa yang harus selesai dan mereka kerjakan hari itu. Sehingga jam 6 sebelum makan malam mereka sudah bisa pulang.

Di Jepang, memang jam kerja seperti unlimited, dan imbasnya pekerjaan malah kadang jadi tidak efisien. Waktu yang panjang kadang tidak benar-benar 100% untuk bekerja. Ketika jam makan malam, profesor yang rumahnya dekat dengan kampus memang biasanya pulang untuk makan malam. Setelah anak-anak mereka tidur, mereka bekerja lagi sampai sesuka mereka.

Ketika di Jepang, saya berpikir orang Jepang itu sangat feodal. Budaya senior dan junior sangat ketat. Apa kata senior itulah yang dikatakan juniornya. Apalagi apa kata Profesor, biasanya kebanyakan harga mati.

Tetapi ternyata di Jerman juga demikian. Profesi profesor di Jerman adalah profesi sakti. Profesor di Jerman ternyata sangat jaim dan tak suka dibantah oleh mahasiswanya. Suasana meeting akademis yang saya kira akan penuh dengan diskusi-diskusi dan argumentasi seru, belum saya temukan. Hanya ada laporan mahasiswa, saran dari profesor, namun tak ada bantahan atau diskusi asyik lainnya Atau apakah presepsi saya tentang Jerman dulu itu tertukar dengan tentang Amerika, ya? Entahlah. Tapi yang jelas ketika profesor yang bicara di meeting, ruangan jadi sangat senyap, bahkan saya jadi tidak enak hati ketika mengeluarkan lap top dari tas karena suara resleting jadi terdengar begitu keras.

Namun, terlepas dari perbedaan style mereka dalam bekerja. Orang-orang di negara maju ini adalah orang-orang yang sangat serius dalam hal mengerjakan apapun yang terbaik secara detail untuk mencapai target.

Posted in penelitian, sosial politik | Tagged: | 1 Comment »

Metagenomik, Era Baru Bioteknologi

Posted by ishelianti on June 22, 2008

Kompas Senin, 06 Juni 2005

Oleh: Is Helianti

INOVASI dan daya kreasi para peneliti di dunia ilmiah telah melahirkan banyak perkembangan baru dalam sains dan teknologi, tak terkecuali di bidang biologi. Era pembacaan seluruh rantai DNA (genom) satu spesies makhluk hidup telah menjadi hal “biasa” di negara maju sana. Tak kurang genom dari ratusan spesies mikroba, tikus, padi hingga manusia telah selesai dibaca.

NAMUN, tampaknya babak pembacaan genom satu spesies makhluk hidup telah mencapai titik jenuh bagi sebagian ilmuwan. Sekarang ini, mereka beralih pada tantangan yang lebih besar. Yaitu, membaca seluruh DNA dari suatu ekosistem lengkap (bukan hanya satu organisme), yang diistilahkan dengan metagenom. Ilmu yang mempelajari metagenom ini disebut metagenomik.

Secara detailnya, proyek metagenom ini adalah usaha membaca seluruh DNA dari komunitas mikroba dalam ekosistem kecil, misalnya segenggam tanah, sepuluh mililiter air laut, atau isi perut manusia. Dengan membaca seluruh cetak biru genetik dari seluruh spesies organisme yang ada pada satu ekosistem, ilmuwan berharap dapat mengetahui jenis organisme (mikroba) apa saja yang terdapat dalam ekosistem mikro tersebut, serta bagaimana mereka bekerja bersama.

Tentu saja usaha ini tidaklah mudah. Keanekaragaman mikroba dalam ekosistem mikro sekalipun sangatlah tinggi. Dalam satu gram tanah subur atau satu mililiter air laut misalnya, bisa saja dijumpai ribuan spesies mikroba, yang dari aspek genetik jauh lebih kompleks daripada genom manusia.

Selain dari lingkungan yang subur yang berarti kaya akan kehidupan, para ilmuwan juga mencoba untuk membaca metagenom dari lokasi-lokasi yang sepi dari kehidupan, seperti lingkungan ekstrem di dasar laut dalam atau daerah pertambangan yang penuh kontaminan berbahaya. Hasil penelitian proses pembacaan metagenom dari daerah-daerah ekstrem yang jarang kehidupan ini pun menyatakan bahwa lebih banyak gen baru yang ditemukan daripada dalam genom manusia. Padahal, dalam genom manusia pun, masih lebih dari setengah jumlah gen yang ada, belum kita ketahui fungsinya.

Pro dan kontra

Sampai saat ini, para peneliti umumnya menggunakan approach isolasi satu spesies makhluk hidup (baik itu mikroba, tumbuhan, ataupun hewan), mengidentifikasi, lalu membaca seluruh gen/DNA (genom)-nya untuk mempelajari makhluk hidup tersebut lebih lanjut lagi. Tetapi metagenomik mengambil approach yang bertolak belakang. Metagenomik memulainya dari DNA organisme (apa pun) yang bahkan sama sekali tidak diketahui, lalu setelah itu baru mencoba memecahkan apa sebenarnya organisme-organisme yang ada di situ yang mengandung DNA-DNA tersebut.

Pendekatan yang tidak umum ini di kalangan ahli mikrobiologi sendiri menimbulkan pro dan kontra akan nilai penting dari data ilmiah yang didapat.

Para peneliti yang setuju dengan approach ini antara lain mengatakan bahwa hanya satu persen dari mikroorganisme yang ada di Planet Bumi ini yang bisa ditumbuhkan di laboratorium atau dibiakkan dalam medium artificial. Jadi sisanya, sembilan puluh sembilan persen tidak bisa (atau setidaknya belum bisa) dikulturkan dengan teknologi isolasi dan kultivasi yang ada sekarang ini, atau diistilahkan dengan unculturable. Padahal bisa jadi mikroba yang unculturable ini justru menyimpan gen-gen baru yang dapat diaplikasikan dalam industri ataupun bermanfaat bagi peningkatan kesejahteraan manusia. Oleh karena itu bisa dikatakan, ilmu mikrobiologi sendiri tidak mengetahui sedikit pun tentang yang sembilan puluh sembilan persen ini.

Tetapi, peneliti dimungkinkan untuk mengekstraksi DNA dari sample tanah atau air laut tanpa perlu identifikasi makhluk hidup apa yang menjadi sumber DNA tersebut. Kita memang tidak tahu penampilan, bentuk (morfologi), ataupun karakter dari masing-masing spesies tersebut, namun, kita bisa tahu kode genetiknya.

Demikian menurut Venter, saintis sekaligus pebisnis unggul pemilik perusahaan biotek Celera Genomics yang merupakan salah seorang pionir dalam proyek metagenom ini. Perusahaan Celera Genomics yang dipimpinnya berhasil menepis keraguan dunia akan keberhasilan proyek pembacaan genom manusia, karena sukses membaca genom manusia yang panjangnya 3.000 mega base pair (Mbp) itu dalam waktu tiga tahun!

Tetapi ada juga yang berpendapat bahwa pembacaan metagenom dari mikroekosistem tidaklah punya arti apa-apa. Dr Davies, seorang profesor emeritus mikrobiologi Universitas British Columbia, bahkan mengatakan bahwa membaca sekuens seluruh DNA yang ada di sample tanah hanyalah akan menjadi sampah. Komentar ini mungkin berkaitan dengan pengalaman penelitiannya sendiri. Profesor ini pernah memulai bisnis perusahaan biotek untuk menemukan antibiotik baru dengan mengekstraksi genom DNA dari sampel mikroba tanah yang tidak dapat dikulturkan. Akan tetapi, approach tersebut menemui jalan buntu. Karena produksi antibiotik diregulasi oleh banyak gen. Sehingga tidak dimungkinkan untuk mendapatkan fragmen DNA yang cukup panjang yang mengandung seluruh gen yang diperlukan untuk memproduksi antibiotik dalam satu klon dari pustaka metagenom tersebut.

Menurut rofesor Davies, hasil pembacaan metagenom hanyalah seperti katalog. Metagenom memaparkan semua gen tetapi tidak memberikan informasi informasi apa pun tentang gen apa yang aktif dan gen mana yang tidak, serta bagaimana bakteri-bakteri tersebut berinteraksi satu sama lain. Kita tidak mendapatkan karakter apa pun dari bakteri yang ada, lalu bagaimana kita bisa tahu apa yang mereka lakukan? Demikian argumen profesor ini.

Argumen ini dibantah oleh saintis dari The Institute of Genome Research (TIGER), Dr Gill. Menurut dia, jika kita mendapatkan cetak biru genetik suatu organisme, kita dapat trace back untuk merekonstruksi sistem metabolismenya, walaupun tanpa mengetahui nama organisme tersebut. Jadi, data genom saja itu sudah cukup bernilai.

Informasi cetak biru genetik akan membantu ilmuwan memperkirakan nutrisi apa yang diperlukan oleh organisme sumber DNA tersebut. Sehingga dapat menjadikan mikroba yang bersangkutan yang sebelumnya tidak bisa dikulturkan menjadi mikroba yang dapat diisolasi dan dikultivasi di laboratorium. Dan ketika seluruh gen dalam suatu organisme diketahui, maka dengan teknologi DNA/gen chips akan mudah diketahui gen mana yang aktif atau tidak ketika diberikan stres lingkungan yang berbeda-beda.

Sumber biokatalis baru

Sebenarnya, metagenom walaupun tampak baru dari segi istilah, telah mulai dilakukan sejak tahun 1980-an. Para peneliti saat itu mencoba meneliti gen 16S rRNA dari sampel konsorsium mikroba. Gen ini menjadi penanda spesies suatu makhluk hidup dan dipunyai oleh seluruh makhluk hidup di Planet Bumi ini. Gen ini, meski berasal dari spesies yang berbeda-beda, banyak mempunyai bagian yang conserve atau homolog satu sama lain. Jadi, spesies yang sama mempunyai susunan DNA yang hampir sama, sedangkan semakin dekat kekerabatan dua makhluk hidup, maka akan semakin banyak bagian dari gen ini yang overlap atau homolog.

Dengan menganalisis gen 16S rRNA yang relatif pendek (sekitar 1.500 bp) dari konsorsium bakteri ini, maka saintis mengetahui ada berapa jenis mikroba global. Akan tetapi, kita tidak mendapatkan informasi apa pun tentang bagaimana bakteri itu berfungsi.

Lalu, sejak tahun 1990-an, para saintis mencoba untuk menganalisa gen yang lebih besar dan panjang untuk mencari gen yang sesuai dengan keperluan hidup manusia. Misalnya, gen penyandi enzim fungsional yang bermanfaat untuk industri sebagai biokatalis.

Setelah sampel dari lingkungan didapat, maka total DNA dari sample tersebut diekstraksi, lalu dikloning dengan teknik shotgun cloning. Total DNA ini dipotong secara random dengan enzim pemotong DNA yang spesifik. Fragmen DNA dengan berbagai ukuran ini lalu diligasikan secara random ke dalam DNA vektor dan dimasukkan ke dalam kultur E coli. Dari sini dipilihlah transforman atau klon (E coli yang mengandung insert fragmen DNA) yang fungsional mengekspresikan enzim target.

Perpaduan fragmentasi DNA total dan kloning secara random sehingga menghasilkan ribuan transforman E coli seperti di atas disebut dengan pustaka metagenom. Metode pustaka metagenom ini telah membuahkan hasil seperti dilakukan oleh beberapa saintis. Tanpa harus susah payah mengisolasi satu spesies lalu mengoptimasi kultivasi isolat yang perlu waktu lama, biaya, dan tenaga yang tidak sedikit, beberapa tim peneliti berhasil menemukan gen-gen baru penyandi enzim yang bermanfaat untuk industri, seperti amilase, agarase, amidase, ataupun selulase.

Contoh lainnya, perusahaan Diersa dengan pustaka metagenom berhasil menemukan enzim lipase jenis baru yang dapat memangkas setengah biaya produksi pembuatan obat penurun kolesterol Lipitor.

Menyusun ribuan “puzzle”

Menemukan satu atau beberapa gen sekaligus enzim aktifnya dengan pustaka metagenom seperti di atas mungkin masih relatif sederhana. Sekali kita menemukan gen sekaligus produknya (enzim) yang fungsional dalam klon E coli, lalu kita sekuensing gen itu, persoalan selesai. Namun, jika kita ingin membaca seluruh gen dari mikroba yang ada dalam satu komunitas tentu jauh lebih ruwet lagi.

Setelah seluruh fragmen DNA dari sample kita dapatkan lalu kita kloning secara random, maka tugas berikutnya adalah membaca susunan DNA dari fragmen insert yang terdapat dalam jutaan klon satu per satu. Metode shotgun kloning seperti ini pula yang dipakai untuk membaca genom manusia yang besarnya 3.000 Mbp itu.

Seluruh sekuens dari fragmen-fragmen DNA itu lalu disusun secara berurutan dengan melihat susunan DNA yang overlap (ini dilakukan oleh komputer). Jadi ibaratnya, seperti menyusun puzzle dari serpihan-serpihan kecil untuk membentuk gambar utuh yang besar. Pada proyek genom manusia, pekerjaan ini relatif lebih mudah karena genom itu hanya berasal dari satu spesies walaupun ukurannya sangat besar.

Pada proses pembacaan metagenom mikroba dari lingkungan, proses tentu menjadi tidak sesederhana itu. Karena, mungkin saja segenggam sampel tanah mengandung ribuan spesies mikroba. Jadi, membaca metagenom sampel ini seperti menyambung serpihan-serpihan untuk menyusun ribuan lembar puzzle yang gambarnya berbeda-beda! Secara simulasi dan perhitungan komputer penyusunan ribuan puzzle ini memungkinkan. Meski demikian, banyak pula saintis yang skeptis.

Seperti menjawab keraguan itu, tim dari Universitas California Berkeley sukses membaca metagenom dari komunitas yang lebih kecil. Mereka berhasil membaca seluruh genom mikroba dari sejumput tanah di daerah pertambangan, 400 meter di bawah pertambangan biji besi Iron Mountain, California, di mana daerah tambang ini mengeluarkan limbah asam beracun yang mencemari sekitarnya. Tim ini mengatakan ada tujuh spesies mikroba (entah itu bakteri atau archaea) yang mendiami lokasi ekstrem mematikan itu. Dua di antaranya telah diketahui genomnya secara lengkap.

Selain metagenom dari lingkungan di luar manusia, metagenom di dalam mikro ekosistem tubuh manusia juga sedang diteliti. Beberapa saintis ada yang memfokuskan penelitian untuk membaca metagenom komunitas bakteri yang ada di saluran pencernaan manusia seperti lambung yang juga berkondisi ekstrem (sangat asam). Dari hasil penelitian saat ini, diketahui bahwa perubahan komunitas bakteri dalam saluran pencernaan akan menyebabkan mulas, diare, atau gangguan pencernaan lainnya. Proyek metagenom bakteri penghuni lambung ataupun usus manusia akan bisa memberikan informasi pola populasi bakteri. Dengan demikian diharapkan dapat diperoleh prediksi waktu kritis seseorang akan jatuh sakit sehingga diagnosa dan pengobatan lebih mudah dilakukan.

Walaupun ada keraguan dari beberapa saintis lain tentang nilai pentingnya pembacaan metagenom, saintis prometagenomik jalan terus. Mereka percaya, sebagai makhluk hidup yang menempati biomassa bumi sebesar enam puluh persen di Planet Bumi ini, mikroba adalah maestro kimia paling genius di planet kita. Mikrobalah yang menjadi sumber antibiotik (dan obat-obatan lainnya), enzim, gen pembunuh serangga yang dimanfaatkan dalam tanaman transgenik, dan sebagainya. Mikroba pula yang memainkan peran penting dalam siklus lingkungan, seperti mengubah gas nitrogen di udara menjadi bentuk yang dapat diserap tanaman, pemasok separuh oksigen Bumi, juga menguraikan toksik dan polutan. Mikroba pulalah yang berperan besar dalam membantu hidup manusia mengelola zat gizi yang dimakannya. Karena itu, proyek metagenom mikroba pasti menjanjikan sesuatu yang istimewa.

Rasanya sudah tak sabar melihat perkembangan sains dan teknologi berikutnya berkat proyek metagenom ini.

Dr Is Helianti MSc Peneliti rekayasa genetik dan enzim pada Pusat Teknologi Bioindustri, BPPT

Posted in Artkel di Media Massa, penelitian | Tagged: , | 1 Comment »

Saya dan Prof Meinhardt

Posted by ishelianti on June 20, 2008

Prof Meinhardt dari University of Muenster adalah professor yang saya kenal kurang lebih 4 tahun lalu. Beliau hingga kini adalah partner kerja sama kami dari Jerman dalam kerangka Indonesia German (IG) Biotech, di mana saya menjadi “pekerja utama” tim di bidang rekayasa genetic untuk perbaikan strain penghasil enzim xilanase.

Jika Tamiya Sensei, profesor saya di Jepang, kadang nampak acuh (walaupun sebenarnya tidak demikian, ya) dengan masalah detail dan dalam. Tidak demikian dengan Prof Meinhardt. Mencengangkan kalau bertanya kiat-kiat teknis padanya. Kelihatan betul, betapa dulu Prof Meinhardt mengerjakan eksperimen molekuler biologi dengan menggebu dan mendalamnya. Sehingga, sarannya sangat praktis dan berguna. Dia selalu bilang, dia mengerjakan itu semua selagi seusia saya, dengan kondisi tidak seberuntung seperti sekarang. Maksudnya, melimpah ruahnya peralatan yang dapat membantu pekerjaan menjadi lebih cepat dan membanjirnya kit-kit untuk ekstraksi macam-macam.

Jika ada pertanyaan kami yang perlu diskusi dengan kolega, dia tak sungkan memending jawaban, dan menjawab ketika hasil diskusi telah ada. Kesannya, dia tak pernah menjawab masalah ilmiah dan teknis dengan asal-asalan. Sikap ilmuwan yang sangat mengagumkan. Jika ia tidak mampu menjawab teknis mendetail, maka dia delegasikan pada mahasiswanya yang tentu saja lebih updated masalah kepiawaian dalam eksperimen.

Publikasinya ratusan. Selain itu ilmunya mendalam. Rasanya dibandingkan saya yang padahal telah lulus Doktor tujuh setengah tahun lalu, gap itu sangat terasa. Karena itu, saya dan teman-teman satu tim rekayasa genetika, selalu menempatkan diri sebagai mahasiswanya. Bertanya ini itu, walau sesekali ngotot dengan argumen yang harus kami pertahankan. Dan mendengarkan baik-baik setiap sarannya.

Sikapnya memang bukan seperti bule pada umumnya. Bahkan kadang-kadang mirip kultur orang Jawa. Suka berbasa-basi, tidak pernah to the point dalam menyampaikan tidak. Sehingga, kadang-kadang kita menjadi ragu dengan yang dikemukakannya. Basa-basi atau memang begitu adanya.

Banyak diskusi (mungkin tepatnya otot-ototan..:-)) dalam masalah keyakinan dengan beliau. Pada pertemuan awal, saya sudah menjudge bahwa agama prof Meinhardt adalah sains itu sendiri, bukan yang sekarang dianutnya. Karena dalam banyak pembicaraan, dia tidak seratus persen meyakini kemutlakan keberadaan Tuhan Sang Pencipta. Hanya karena dia tenang dan berbahagia dengan beragama. Jadi, menurutnya, jika memang sebenarnya Tuhan tidak ada, dia tak merugi apapun jika mempercayainya. Jawabannya memang tidak memuaskan. Tapi cukup untuk menghentikan diskusi ngotot, karena memang saya dan beliau berada pada paradigma berpikir yang berbeda.

Namun, judge saya bisa jadi salah. Dalam pertemuan terakhir 4 bulan lalu, dalam suatu diskusi, kami membahas tentang probabilitas mutasi bakteri, mekanisme penurunan karakter suatu galur, dan lain-lain. Tercetus dari ungkapannya, bahwa di balik alam ini, bahkan sampai dunia mikroba dan DNA di dalamnya, ada ”game player” yang eksis. Game player ini menjadikan semuanya berjalan rapi, cantik, dan bisa dicerna oleh akal manusia dalam bingkai ilmu pengetahuan. Yang lalu saya serobot, bahwa itu adalah Allah, Tuhan pencipta semua alam ini. Alam mikro sampai kita manusia. Yeah, may be, begitu Prof Meinhardt menjawab sambil mengedikkan bahunya.

Walau demikian, saya banyak belajar dari Prof Meinhardt. Ketekunan dalam bidangnya yang membuatnya punya begitu banyak publikasi ilmiah. Kesetiannya pada profesi profesor, yang walaupun hanya bisa memberikan dia sebuah mobil Mazda. Juga tak lupa kami selalu berterima kasih pada pemberian plasmid vektor, enzim restriksi, strain bakteri, yang kadang-kadang dibawanya sebagai oleh-oleh buat kami…:-)

Posted in penelitian | Tagged: , | 2 Comments »

Saya dan Tamiya Sensei

Posted by ishelianti on June 11, 2008

Profesor Tamiya, yang biasa saya panggil Tamiya Sensei, adalah profesor saya ketika mengambil program master, doctor, dan post-doc. Mungkin sosok terlama yang bersinggungan dengan saya dalam hal belajar menjadi periset. Sosok yang “agak lain” dibanding dengan orang Jepang kebanyakan.

Tidak feodal dan fleksibel dalam hal jadwal lab. Tidak suka minum sake dan mabuk. Dengan demikian saya cukup nyaman berada sampai 6 tahun di lab beliau. Saya tak pernah terpaksa harus lembur di lab, hanya karena sang profesor masih ada di lab (di Universitas Jepang, banyak profesornya yang mewajibkan mahasiswanya mengikuti ritme kerja sang profesor. Agak gawat kalau profesornya gila kerja dan betah di lab sampai di atas jam 9 malam..:-). Walau, ketika mendekati dead line suatu seminar, saya juga mau tak mau kerja lembur sampai dini hari..:-). Tapi bukan atas keharusan siapapun. Saya bekerja sampai lembur, karena saya memang harus bekerja.

Sikap yang tidak suka minum sake/arak Jepang sampai mabuk, juga membuat saya terselamatkan dari berbagai pergaulan yang tidak perlu. Bagi banyak orang Jepang, minum sake bersama adalah cermin keakraban sekaligus ajang menguji saling percaya. Sebab, yang keluar dari orang mabuk adalah hal yang benar-benar yang ada di hati. Jadi jika yang keluar yang baik, memang putihlah hatinya, dan benarlah teman minum sake ini adalah sahabat sejati..:-) Ketika kami bertemu di Jakarta hampir 2 tahun silam, saya baru tahu alasan ilmiah Tamiya Sensei tidakminum sake.

“Menurut hasil analisa dari alat semacam sensor yang saya kembangkan, saya memang sangat rentan terhadap alkohol. Tidak kuat jika meminum alkohol terlalu banyak…” Ini dia sebutkan dalam kuliahnya tentang biosensor.

Tamiya Sensei mengajarkan saya banyak hal. Walau, dalam beberapa sisi ada yang saya kurang setujui. Berbeda dengan kebanyakan Profesor Jepang yang sangat spesialis atau “senmon baka”, tidak demikian dengan Tamiya Sensei. Tipikal gila kerja, sama dengan profesor Jepang pada umumnya. Namun, dia tak pernah terikat dengan bidang ilmu yang dari awal ditekuninya. Mungkin, karena beliau adalah orang yang selalu bergerak dalam bidang aplikatif, sehingga aplikasi dan komersialisasi selalu jadi target, beliau sangatlah fleksibel, bahkan dalam hal ilmu. Teori yag terlalu mendalam sama sekali tidak menarik bagi beliau, tetapi aplikasi yang kreatif dan inovatif bisa membuat matanya berbinar-binar. Idenya banyak yang menarik, walau sering terasa musykil.

Karena itulah, bagi orang lain, Tamiya Sensei seperti orang yang tidak konsisten dalam satu bidang penelitian dan tidak fokus. Meloncat-loncat. Dari biosensor, enzim, teknologi scanning, sampai nanoteknologi. Bahkan posisi karirnya sekarang yang Profesor Applied Physics di Universitas Osaka amatlah jauh dengan asal-usul pendidikan beliau dan posisi sebelumnya yang berbau life science. Dia sering berkata, dulu, walau orang lain melihatnya tidak fokus dan konsisten, tetapi penelitiannya dari dulu hingga kini dalam visinya tidak pernah ada gap, bahkan semua bersambungan dan berhubungan.

Falsafah beliau baru saya fahami sekarang. Bahwa, penyekatan ilmu dan pengetahuan dan teknologi dalam boks-boks kaku, hanya akan memenjarakan kreatifitas dan inovasi. Bahwa, dalam batas-batas tertentu kita tidak bisa masa bodoh dengan bidang lainnya. Karena itu tampaknya, Tamiya sensei tak berkeberatan meskipun seolah “harus pindah” jurusan ke fisika terapan.

Tamiya sensei juga ahli dalam mengemas hasil penelitian menjadi sangat menarik. Beliau piawai pula menulis proporsal dan menjual hasil penelitian. Beliau selalu mengritik saya yang sangat lurus dalam mengekspresikan hasil penelitian. Kita harus bisa mengekspresikan dengan sedikit hiperbolis dan dengan semenarik mungkin hasil penelitian kita. Dengan demikian kita bisa menjual hasil tersebut dan menarik minat orang lain. Sampai saat ini, saya belum bersetuju dengan hal ini, karena hiperbolis berarti mengungkapkan sesuatu yang mungkin berjauhan dengan fakta.

Posted in penelitian | Tagged: , , | 5 Comments »

Isu Bioetika yang terkait dengan Penelitian, Pengembangan Komersialisasi dan Pengelolaan SDG Mikroba

Posted by ishelianti on June 11, 2008

Ini adalah file presentasi ketika saya mewakili Pak Koesnandar (Wakil Ketua Umum Perhimpunan Mikrobiologi Indonesia, PERMI) dalam
Seminar Bioetika lalu

Referensi dari presentasi adalah:
1. Hasil Kerja/Diskusi Kelompok Kerja Bioetika Sub bidang Mikroba tahun 2005 di mana saya menjadi salah satu anggotanya
2. Wikipedia
3. Beberapa website yang berhubungan dengan beberapa prinsip dasar bioetika dalam pengelolaan mikroba

Masih banyak yang harus dikritisi dan didiskusikan dari file presentasi ini.
Tetapi semoga bermanfaat, khususnya dalam menambah wawasan pengelolaan sumber daya hayati bangsa.

Lengkapnya di sini

Posted in Materi kuliah, penelitian | Tagged: , , | Leave a Comment »

GFP, Gen Pewarta yang Berpendar Indah

Posted by ishelianti on May 25, 2008

Di dalam majalah ilmiah ataupun berita di televisi, mungkin anda pernah melihat tikus percobaan berpendar hijau, atau daun tembakau bercahaya hijau di kegelapan. Pemandangan yang tidak biasa dan membuat terpesona ini tidak akan kita jumpai pada tikus ataupun tembakau alami. Para ilmuwan memang sengaja membuatnya. Namun, bukan untuk tujuan keindahan visual semata.

More…

Posted in Artkel di Media Massa, penelitian | Tagged: , | Leave a Comment »

Kolaborasi Internasional Bioprospeksi, Belajar dari Costa Rica

Posted by ishelianti on May 25, 2008

Indonesia adalah negara megabiodiversity di dunia. Akhir-akhir ini, kesadaran akan pentingnya memberi nilai tambah pada sumber daya hayati dan pemanfaatan keragaman hayatinya sehingga dapat memberi nilai komersial sekaligus meningkatkan pendapatan ekonomi bangsa makin mengemuka. Istilah “bioprospeksi”, yaitu eksplorasi, ekstraksi, dan pemanfatan keragaman hayati untuk mendapatkan senyawa biologis yang mempunyai nilai jual dan komersialisasi tinggi menjadi isu global. Senyawa biologis tersebut dapat berupa obat-obatan, anti mikroba, anti viral, enzim industri, dan sebagainya.

More….

Posted in Artkel di Media Massa, penelitian | Tagged: , , , | Leave a Comment »

Inovasi Teknologi di Balik Proyek Pembacaan Genom

Posted by ishelianti on May 9, 2008

Inovasi Teknologi di Balik Proyek Pembacaan Genom
Oleh : Is Helianti
Gegap gempita proyek genom manusia mencapai puncaknya pada bulan April 2003 lalu. Selesainya proyek ini
menjadi salah satu tonggak sejarah kemajuan bioteknologi dan diperkirakan akan menimbulkan revolusi di
bidang pengobatan dan kesehatan manusia. Pengobatan sistem pesan secara genetis akan melonjak dengan
pesat. Penemuan vaksin dan disain obat-obatan akan semakin mudah dan cepat. Royalti yang didapatkan karena
paten juga tentu menggiurkan.
more

Posted in penelitian | Tagged: , | Leave a Comment »

Catatan empat tahun menjadi peneliti di BPPT

Posted by ishelianti on December 13, 2007

Catatan empat tahun menjadi peneliti di BPPT

Malam ini, ketika sedang membereskan berkas-berkas penting mata saya tertumbuk pada sebuah SK. SK CPNS saya 4 tahun lalu, tertanggal 1 Desember 2003. Tidak ada yang istimewa dengan SK tersebut. Semua PNS di instansi pemerintah pasti memilikinya, dan menyimpan dokumen penting tersebut dengan cermat karena sangat ”keramat”. Kenaikan pangkat bisa jadi mandek kalau kita kehilangan SK ini.

Tapi saya tak hendak membicarakan tentang dokumen tersebut. Hanya ketika saya melihat SK ini, benak saya mengajak untuk sekedar tak memandangi kertas tersebut dan menyimpannya baik-baik di map dokumen penting. Rasanya saya ingin berkontemplasi tentang perjalanan menjadi seorang peneliti selama 4 tahun di tanah air. Hmm, mungkin bukan peneliti, karena secara legalitas formal, saya memang belum berhak menyandang profesi itu. Aplikasi peneliti saya masih macet di tengah jalan. Tetapi, terus terang, saya lebih senang menamakan pekerjaan saya peneliti daripada PNS. Mungkin saya terbawa arus pandang masyarakat yang memandang minor pada pekerjaan PNS. Pekerja nyantai bukan pekerja keras, dan layak saja mendapat pendapatan di bawah standar hidup cukup karena tidak profesional. Well, jadi ijinkan saya tetap memakai peneliti. Biar lebih keren sehingga saya lebih bersemangat berkontemplasi J.

Saya teringat, saya begitu bersyukur ketika akhirnya saya dapat diterima menjadi CPNS di BPPT. Wanita, menikah, usia pas 33 tahun dengan satu anak batita mendapat kerja di negeri yang mempunyai angka pengangguran tinggi ini, saya merasa tentu saja patut bersyukur. Banyak yang bilang saya pesimistis dan under estimate dengan kemampuan pribadi. Waktu itu saya sudah doktor lulusan LN hampir 3 tahun sebelumnya, dan pengalaman posdok pun ada. Mengapa merasa begitu tak berdaya dan mau melamar di institusi pemerintah? Dan mengapa pula demikian bersyukurnya hanya karena diterima di LPND seperti BPPT? Namun, ketika itu saya telah merasakan begitu susah mendapat peluang untuk mengaktualisasi diri dengan status tetap dan jelas. Riwayat pendidikan S1 sampai S3 di Jepang tanpa cantolan almamater dalam negeri, walaupun terlihat keren, tetapi ternyata sangat susah untuk menjadi modal mendapatkan pekerjaan akademisi tetap di tanah air. Ada tawaran di institut negeri terkenal Bandung, tetapi akhirnya saya batalkan, karena saya prediksikan tidak akan optimal mengelola dua rumah tangga yang berjauhan (waktu itu belum ada tol Cipularang). Menanyakan peluang menjadi akademisi universitas negeri terkenal di Depok, tetapi jawabannya seragam di setiap jurusan. Kami perlu pengajar qualified tetapi tidak bisa memberi gaji yang pantas. Bisa jadi basa-basi, bisa jadi memang begitu realitanya. Melamar di beberapa PTS, dibilang jurusan yang berkaitan dengan bidang saya sepi mahasiswa dan mungkin sebentar lagi akan ditutup, jadi tak perlu pengajar baru.

Jadilah, saya mengisi waktu saya dengan menjadi dosen tamu di beberapa mata kuliah di sebuah universitas negeri di mana teman sewaktu Jepang menjadi penanggung jawab mata kuliah tersebut. Saya juga berusaha tetap membaca dan menulis, seperti kegiatan yang saya lakukan ketika sekolah di Jepang. Juga menulis buku teks sekolah. Tetapi ada satu hal yang terus saya kangeni. Suasana laboratorium dan eksperimen! Sepertinya, saya bukan tipe orang yang bisa jadi pintar hanya dengan membaca teks book. Saya perlu penghayatan apa yang saya baca di literatur dengan memegang mikropipet dan menguji coba! Karena itu, sangatlah wajar, ketika saya diterima menjadi CPNS BPPT, syukur saya tidak terhingga pada Yang Maha Pendengar dan Pengabul doa.

Kini, tak terasa sudah empat tahun saya menjadi peneliti di BPPT. Pasang surut semangat banyak saya rasakan. Ketika sedang pasang semangat, ini terus menggugah saya untuk terus konsisten menjadi peneliti (berstatus PNS) di negeri ini. Walau gaji yang diterima jauh di bawah jika dibandingkan dengan sewaktu posdok, ataupun honor mengajar empat kali di program ekstensi! Meskipun begitu banyak kenyataan yang kadang membentur nurani.Saya senang dan gembira, ternyata BPPT tak ”semiskin” yang saya kira. Dan saya bisa melakukan penelitian, pekerjaan keren dan kaya manfaat, seperti halnya ketika di Jepang! Peralatan lumayan, bahan kimia yang serba mahal pun tersedia. Tinggal kemauan kerja. Maaf saja. Dulu sebelum pulang saya sempat begitu under estimate dengan kondisi penelitian di tanah air. Tak terbayangkan bahwa LPND Indonesia punya mikropipet dan enzim restriksi! Bahkan pada Sensei, sebelum pamit pulang ke tanah air, saya sempat minta didoakan agar saya tak berkhianat dengan memilih bekerja sebagai penerjemah bahasa Jepang saking hopelessnya. Saya menyenangi pekerjaan ini. Ini dunia saya. Ini sebagian dari hidup saya. Saya belajar banyak di bidang pekerjaan ini dan merasa terus ter update. Saya senang dengan sensasi harap-harap cemas ketika menunggu hasil eksperimen. Satu? Atau Nolkah? Ketika hasil Nol tentu kecewa, tetapi harapan agar eksperimen berhasil tetap ada. Saya menikmati ketika menemukan info baru dari paper dan berdiskusi dengan teman-teman. Saya terlarut dalam proses menulis dan banyak belajar dari kegagalan. Saya putuskan untuk tak peduli gaji. Bukan tidak butuh. Tetapi karena memikirkannya akan mengganggu kenikmatan kerja. Dan berharap dapat terus belajar dan belajar. Kadang, terselip bangga bekerja di institusi yang mempunyai banyak master, doktor, dan APU. Merasa keren pula mempunyai teman-teman yang pandai berbilingual.

Tetapi kebanggan ini kadang menjadi kegalauan yang menyayat, karena ternyata bertambahnya jumlah master dan doktor di tanah air khususnya BPPT tak berbanding lurus dengan meningkatnya kemauan bekerja, membaiknya sistem, meningkatnya pemanfaatan hasil penelitian di masyarakat, juga kesejahteraan. Saya tak hendak diskusi hal kompleks yang serupa lingkaran setan ini di sini. Hanya terkadang, memang realitas menyebalkan seperti sistem, ketidakkonsistenan kebijakan, ketidakjelasan masa depan karir dan lain-lain, membuat semangat saya surut dan bete. Kalau sedang bete, rasanya saya ingin bolos dari kerja selama sebulan. Bermain dengan anak atau menulis novelJ.Tetapi biasanya, sehari tidak kerja saja, saya merasa useless. Kalau sedang bete ingin rasanya saya ambil posdok sepuluh tahun di Jepang sana dan melongok lab ketika pulang kampung sajaJ.

Tidak terasa. Empat tahun. Apa yang sudah saya lakukan dalam pekerjaan ini? Bolak-balik lab, dengan rutinitas robot? Sekedar memenuhi absen dan untuk itu dapat uang makan dan terlihat rajin di mata atasan, dan merasa sudah bekerja? Apakah saya akan tetap dapat bertahan jika ada kondisi yang memaksa saya “mental”? Sejujurnya, saya merasa tidak punya kelebihan apa-apa dalam hal amal sholeh di mata Allah. Karena itu, saya selalu, ingin pekerjaan menjadi penelitilah menjadi amal shaleh yang khas saya di hadapanNya, yang bisa secara signifikan memberatkan timbangan amal ibadah saya di yaumul hisab. Inilah motivasi terdalam saya, dan bahan bakar semangat saya ketika semangat itu hampir padam. Saya ingin, tanpa bermaksud mengatakannya dengan gaya bahasa bersayap. Berbuat yang berarti lewat riset untuk orang-orang yang saya cintai, orang-orang yang saya hormati, untuk tanah air yang di atasnya saya tumbuh besar dan mengerti makna berbakti, juga untuk (penghuni mayoritas negeri ini) orang-orang kecil dan susah yang telah sudi berbagi anggaran dari negara -yang mungkin sebenarnya mereka perlukan untuk meningkatkan kesejahteraan- untuk riset. Saya ingin, ketika anak saya dewasa, saya tetap bangga dan senang dengan pekerjaan saya sebagai peneliti dan membuatnya bangga karena mempunyai seorang ibu seperti saya. Dan pada saat itu, Here I am, dengan isi kontemplasi yang mungkin lebih dalam dan lebih bermanfaat daripada kontemplasi 4 tahun ini.

(Is Helianti, PNS, golongan III/c)

Posted in penelitian | Tagged: , | 24 Comments »